La Unidad de Género e Inclusión del Instituto Electoral del Estado de Querétaro, está bajo la coordinación de la Secretaría Ejecutiva. Quien esté a cargo de esta unidad debe tener estudios universitarios y experiencia en temas de igualdad, género e inclusión. Su nombramiento lo hace el Consejo General del Instituto.

Estas son las principales tareas y responsabilidades de la Unidad:
1. Propone planes y presupuestos: Presenta sus programas de trabajo y el presupuesto para llevarlos a cabo.
2. Impulsa y propone políticas institucionales que promuevan la igualdad de género y la inclusión para todas las personas que trabajan en el Instituto.
3. Acompaña y respalda acciones para que más mujeres, personas indígenas y otros grupos en situación de vulnerabilidad participen en la vida política.
4. Asesora a las diferentes direcciones del Instituto para que integren la perspectiva de género e inclusión en sus actividades.
5. Da seguimiento a los programas revisando y analizando que estén alineados a la igualdad e inclusión, así como su cumplimiento.
6. Prepara informes para presentarlos ante el Consejo General y otras comisiones del Instituto.
7. Asesora en acuerdos del Consejo: Aporta su conocimiento para que las decisiones del Consejo General consideren la igualdad, la no discriminación y la inclusión.
8. Lleva el control y el registro de personas sancionadas por violencia política de género en el Estado Querétaro, asegurándose de que esté actualizado.
9. Da asesoría y elabora recomendaciones cuando hay casos de violencia política por razones de género.
10. Realiza acciones para garantizar el uso adecuado del uso de la sala de lactancia del IEEQ.
11. Colabora en cursos y talleres sobre estos temas en materia de género e inclusión para el personal del Instituto.
12. Acompaña en los procesos electorales para asegurar que haya igualdad entre mujeres y hombres, y que se incluya a personas de grupos prioritarios, tanto en el trabajo del Instituto como en el registro de candidaturas.
13. Realiza todas aquellas actividades que le encomienden la Secretaría Ejecutiva, la Dirección de Educación Cívica o que estén marcadas en la ley.